Bium(MZ)
Core Facility Bioinformatik
Federico Marini, Dr. rer. physiol.
Über mich
Ich leite die Arbeitsgruppe Bioinformatik (Abteilung Genomische Statistik und Bioinformatik) am Institut für Medizinische Biometrie, Epidemiologie und Informatik (IMBEI Mainz) tätig.
Ich beschäftige mich mit der Entwicklung von Methoden und Software für interaktive und reproduzierbare Forschung. Dieser Bereich bringt Disziplinen wie Bioinformatik, Statistik, Genomik, und Biologie zusammen.
Seit Mai 2017 leite ich die Core Facility Bioinformatik an der Universitätsmedizin Mainz (2017-2019: zusammen mit Jens Marquardt; seit November 2019: mit Friedrich Foerster).
Ich arbeite sehr gerne mit der Programmiersprache R und mit Software von dem Bioconductor Projekt, wo ich auch mit einigen Paketen beigetragen habe.
Sie können mich via E-Mail erreichen oder über das Telefon 06131 - 17 8108
Meine Website ist https://federicomarini.github.io
Ausbildung
- PhD, Biostatistics/Bioinformatics, 2017 - University Medical Center Mainz, IMBEI
- MSc, Biomedical Engineering, 2008 - Politecnico di Milano
- BSc, Biomedical Engineering, 2005 - Politecnico di Milano
Interessen/Fähigkeiten
- Bioinformatik und Biostatistik
- Transcriptomanalyse, Genomik
- R, Bioconductor, Shiny
- Interaktive und reproduzierbare Analyse
- Thrombozyten!
Publikationen
Hier ist ein link zu PubMed für meine Publikationen (oder hier ist mein Profil bei Google Scholar).
Software
Meine Bioconductor Softwarepakete:
- pcaExplorer: Interactive Visualization of RNA-seq Data Using a Principal Components Approach
- ideal: Interactive Differential Expression AnaLysis
- iSEE: Interactive SummarizedExperiment Explorer, jointly with Charlotte Soneson, Aaron Lun, Kevin Rue-Albrecht
Mein GitHub Profil ist https://github.com/federicomarini.