Core Facility Bioinformatik
Die Core Facility Bioinformatik führt Standardanalysen von Transkriptom, Genom und Proteom Datensätzen mit aktuellen Methoden und Software nach den Regeln der guten wissenschaftlichen Praxis durch. Unsere Dienstleistungen werden von erfahrenen Wissenschaftlern mit Abschluss in Bioinformatik / Biostatistik oder verwandten Bereichen erbracht.
Für unsere Aufgaben verwenden wir vor allem Open-SourceSprachen und Software, wie z.B. R und Bioconductor, zusammen mit Cytoscape (und seine Drittanbieter-Apps). Dies ermöglicht eine robuste, umfassende und optimale Analyse Ihrer Daten.
Die Core Facility Bioinformatik bietet Expertise und Software für:
Unser Service umfasst idealerweise den gesamten Prozess von der Projektplanung bis zur Veröffentlichung, einschließlich:
Darüber hinaus können wir vorhandene Analysepipelines so anpassen und erweitern, dass sie den spezifischen Anforderungen Ihrer Daten entsprechen.
Wir bieten auch Know-how in der Entwicklung und Implementierung neuer algorithmischer Lösungen (Methoden, Tools, Software) für Ihre Projekte, z.B. in R/Bioconductor Paketen (pcaExplorer, ideal, iSEE).
Wir sind in der Lehre involviert: Wir veranstalten Workshops zur Biostatistik, für die Analysen von Hochdurchsatz-Sequenzierungsassays oder wir geben Kurse für die Programmierung in R / mit Bioconductor.
Neben unseren Dienstleistungen bieten wir eine campusweite Lizenz für Ingenuity Pathway Analysis (IPA, Qiagen) an. Dies ist ein äußerst leistungsfähiges Werkzeug für Wissenschaftler, um ihre eigenen Daten zu analysieren und auf die umfangreiche Wissensbasis zuzugreifen. Die formalen Regeln und das Anmeldeformular für unser Mietmodell können hier heruntergeladen werden (in deutsch).
Wir sind eine interdisziplinäre Plattform, um alle Wissenschaftler des Universitätsmedizin Mainz bei der Analyse von Hochdurchsatz-Sequenzierungsexperimenten zu unterstützen. Als Schnittstelle zwischen experimentellem Wissenschaftler und Bioinformatik sind wir ein wesentlicher Bestandteil effizienter Übersetzungsprojekte.
Nach dem der erste Kontakt hergestellt wurde, werden wir die Details der Projektbeschreibung besprechen. In Zeiten hoher Arbeitsbelastung wird Priorität auf der Grundlage bestimmter Kriterien eingeräumt (d.h. Wissenschaftliche Qualität, Art der Analyse, experimentelles Design / Bedingungen / Anzahl der Replikate, freie Kapazität).
Die Core Facility Bioinformatik wird der Universitätsmedizin finanziert. Daher bieten wir allen Wissenschaftlern an der UM grundlegende Analysen an. Wir bitten Sie, unseren Service in allen Publikationen / Plakaten oder Patenten, die auf den Ergebnissen der in der Core Facility Bioinformatics geleisteten Arbeit beruhen, anzuerkennen und uns dies mitzuteilen.
Die meisten Projekte werden diesem Standardverfahren folgen: Alle im Rahmen des Projekts vom BIUM entwickelten Software- und Analysepipelines verbleiben bei uns; Alle Daten und Ergebnisse gehören ausschließlich dem Kunden.
Derzeit werden unsere Dienstleistungen kostenlos angeboten. Abhängig von der Komplexität der Analysen kann in Zukunft eine formelle Zusammenarbeit oder eine Beratungsgebühr anfallen.
Unsere Kerndienste werden durch eine vom Dekanat gewährte Finanzierung gesponsort. Wenn Sie Zugang zu umfangreichen Bioinformatik-Analysen wünschen, sprechen Sie uns bitte im Voraus an, am besten, wenn sich das Projekt in der Planungsphase befindet. Wir unterstützen Ihren Förderantrag auch gerne indem wir z.B. geeignete Datenmanagementverfahren oder die Schritte nach dem Erzeugen der primären experimentellen Daten präzisieren.
Alle Bewerbungen und Kontakte werden vertraulich behandelt.