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News


Willkommen von Team-Mitgliedern in der Bium(MZ)
(17. Juni 2015)


Seit dem 15. Juni freut sich die Core Facility Bioinformatik über den neuen Co-Leiter Dr. Jens Marquardt. Die Bium(MZ) heißt ihn herzlich Willkommen!


Willkommen von Team-Mitgliedern in der Bium(MZ)
(03. November 2014)


Seit dem 3. November freut sich die Core Facility Bioinformatik über den neuen Mitarbeiter Moritz Hess. Die Bium(MZ) heißt ihn herzlich Willkommen!


Publikation   (15. September 2014)


In Kooperation mit A. Schwarz et al. hat die Core Facility Bioinformatik ein Paper veröffentlicht in Molecular & Cellular Proteomics bzgl. des Forschungsprojektes A systems level analysis reveals transcriptomic and proteomic complexity in Ixodes ricinus midgut and salivary glands during early attachment and feeding.


Bevorstehende Vorträge   (18. August 2014)


Frau Dr. Johanna Mazur und Frau Aslihan Gerhold-Ay werden beide am 27. August 2014 jeweils einen Vortrag halten auf der ISCB 2014 in Wien. Frau Dr. Mazur wird zu dem Thema Combining gene expression measurements from different platforms with a simultaneous boosting approach vortragen und Frau Gerhold-Ay zu dem Thema Optimal Mapping of Methylation and RNA-Seq Data with Prediction Performance as a Measure for Optimality.


Bevorstehender Kurs "Planung und Analyse von NGS-basierten Studien"   (27. März 2014)


Am 26. Mai 2014 von 10 - 17 Uhr bietet die Core Facility Bioinformatik im Kurssaal am IMBEI einen Kurs zur Planung und Auswertung von NGS-basierten Studien für Mediziner und Biologen an, um einen Einblick in gute Experimentplanung und bioinformatische Analyse von Next-Generation-Sequencing-Daten zu geben.
Im Ersten Teil der Veranstaltung wird neben einer allgemeinen Einführung in RNA-Seq- und ChIP-Seq-Daten darauf eingegangen werden, welche Punkte bei der Experimentplanung zu berücksichtigen sind, um am Ende der Auswertungspipeline gute Ergebnisse zu erhalten.
Der Nachmittag startet mit einer Einführung in die Benutzung von R und RStudio. Die statistische Umgebung R bietet in Kombination mit der Plattform Bioconductor zahlreiche Möglichkeiten, hochdimensionale Daten optimal auszuwerten. In einer abschließenden Fallstudie zur RNA-Seq-Datenauswertung haben die Teilnehmer die Möglichkeit, unter Anleitung eine Analyse von NGS-Daten durchzuführen.
Der Flyer zur Veranstaltung kann hier heruntergeladen werden. Wir freuen uns darauf, Sie am 26. Mai begrüßen zu dürfen!


Bevorstehendes Tutorium "Statistical Workflows for Sequencing Data"   (21. Februar 2014)


Frau Dr. Johanna Mazur und Frau Aslihan Gerhold-Ay werden bei dem Workshop Statistical Computing 2014, 20. Juli - 23. Juli 2014, Reisensburg ein Hands-on-Tutorium geben. Der Flyer zu dem Workshop kann hier heruntergeladen werden. Inhalt des Tutoriums werden Analyseworkflows für RNA-Seq- und ChIP-Seq-Daten sein. Ein besonderer Schwerpunkt wird dabei auf die statistische Analyse dieser Daten gelegt werden.


Bevorstehender Vortrag   (07. Januar 2014)


Frau Dr. Johanna Mazur wird am 20. Januar 2014 im Seminar des Institute of Computational Biology am Helmholtz Zentrum München einen Vortrag halten mit dem Titel "RNA-Seq Data: From Statistical Analysis to Experimental Design".


Start unseres Ingenuity-Verleihmodells   (28. Juni 2013)


Als weitere Serviceleistung bietet die Core Facility Bioinformatik ein Ingenuity-Verleihmodell an. Pro Institut kann ein Ausleihender sich eine Lizenz für zwei Wochen ausleihen. Um eine Verleihlizenz der Bium(MZ) nutzen zu dürfen, muss der Ausleihende einen Anmeldezettel ausgefüllt und unterschrieben an Ute Lintelmann senden, die die Vergabe der Lizenzen koordiniert. Die genauen Regeln können, zusammen mit dem Anmeldezettel, hier heruntergeladen werden.


Abschied und Willkommen von Team-Mitgliedern in der Bium(MZ)
(01. April 2013)


Die Core Facility Bioinformatik verabschiedete zum 31. März den Co-Leiter Prof. Dr. Dr. Andreas Teufel und den Mitarbeiter Timo Itzel. Die Bium(MZ) wünscht den Beiden einen guten Start und alles Gute am Universitätsklinikum Regensburg!
Seit dem 1. April freut sich die Core Facility Bioinformatik über den neuen Co-Leiter Dr. Frank Staib und die neue Mitarbeiterin Aslihan Gerhold-Ay. Die Bium(MZ) heißt beide herzlich Willkommen!


Lunch-Meeting "Die MiSeq-Plattform: Messung, Auswertung und Workflows"   (28. März 2013)


Am 25. April 2013 um 12 Uhr lädt die Core Facility Bioinformatik zu einem Lunch-Meeting im Sitzungssaal im IMBEI ein. Zusammen mit Vortragenden von Illumina und CLC bio wird ein Überblick über die MiSeq-Plattform gegeben und aufgezeigt wie die Bium(MZ) die Forscherinnen und Forscher der Universitätsmedizin Mainz bei der erfolgreichen Projektdurchführung unterstützen kann.
Der Flyer zur Veranstaltung kann hier heruntergeladen werden. Wir freuen uns darauf, Sie am 25. April begrüßen zu dürfen!


Lunch-Meeting "RNA-Seq For Lunch"   (12. November 2012)


Am 28. November 2012 um 12 Uhr lädt die Core Facility Bioinformatik zu einem Lunch-Meeting im Sitzungssaal im IMBEI ein. Es werden sowohl die technologischen Plattform-Anbieter des Biologie-Fachbereiches und vom TRON als auch Mitarbeiter der Bium(MZ) zu Wort kommen und die Möglichkeiten der RNA-Seq-Daten-Erzeugung und -Auswertung an der Johannes Gutenberg-Universität aufzeigen.
Die Agenda kann hier heruntergeladen werden. Wir freuen uns darauf, Sie am 28. November begrüßen zu dürfen!


Kurs "Microarray-Auswertung im Zusammenspiel mit der Bium(MZ)"   (31. August 2012)


Die Core Facility Bioinformatik hält den Kurs "Microarray-Auswertung im Zusammenspiel mit der Bium(MZ)". Das Skript kann hier heruntergeladen werden.
Der Kurs gibt eine kurze Einführung in R und Bioconductor, stellt als grafische Oberfläche für deren Benutzung RStudio vor und bietet eine exemplarische statistische Analyse von Affymetrix-Microarray-Daten an.


Verteidigung Doktorarbeit Johanna Mazur   (24. Juli 2012)


Johanna Mazur hat erfolgreich ihre Doktorarbeit Bayesian Inference of Gene Regulatory Networks: From Parameter Estimation to Experimental Design verteidigt. Gratulation Frau Dr. Mazur!


Kick-off-Meeting der Bium(MZ)   (02. Mai 2012)


Am 2. Mai 2012 um 15 Uhr stellt sich die Core Facility Bioinformatik vor. Gäste sind herzlich willkommen. Die Agenda kann hier heruntergeladen werden.